En este momento existen hasta 4 formas para emitir facturas electrónicas cada una de ellas dependerá de muchos factores, pero primordialmente de la cantidad de comprobantes que emitas y del presupuesto con el que cuentes para tal fin. En ese sentido el sistema de emisión Electrónica que usted elija dependerá de la cantidad y volumen de operaciones de la empresa
Así pues, las formas a las que hago referencia son:
1. Sistema de emisión electrónica SOL SEE-SOL, sólo necesitas tu ruc en estado activo y habido y debes encontrarte habilitado para emitir facturas (Por ejemplo, no aplica a personas naturales o NRUS). Este sistema se recomienda si no tienes una elevada facturación, por cuanto la emisión es de manera individual.

2. Sistema de emisión electrónica desde el Facturador de SUNAT- SEE-SFS, necesitas descargar una aplicación que es gratuita y que lo brinda SUNAT. La ventaja es que aquí puedes emitir comprobantes de manera masiva y la desventaja es que no es personalizable, salvo que domines mucho JAVA y puedas modificar las fuentes (Clic Aquí) de la misma SUNAT tiene colgadas en su página web.
Asimismo, se requiere de un sistema de facturación que genere mínimamente archivos en extensión TXT o JSON e incluso XML.
3. Sistema de Emisión Electrónica desde los sistemas del contribuyente SEE – Del Contribuyente, a todas luces esta es la mejor forma de emisión pues incorporas a tu propio sistema contable la facilidad de conectarse directamente con SUNAT. También se puede realizar desde software de terceros. La desventaja es que se necesita una implementación que demanda un costo superior a los demás sistemas existentes.
4. La última pero no menos importante es emitir desde el APP SUNAT, la que la puedes descargar directamente de tu Play Store. Una vez instalada se autentica con tu clave SOL y comienza a emitir. No obstante, es para operaciones básicas.

Para finalizar en ningún caso debes dar de baja a tus facturas físicas, ya que en una eventual contingencia puedes seguir utilizando y de estar obligado a ser emisor electrónico debes reportarlo a través de un TXT en SOL.
Conclusiones:
1. Existen 4 maneras de emitir facturas electronicas
2. El sistema que elijas dependerá de la cantidad de comprobantes que se emita asi como del tamaño de la empresa
Fuente: http://escenariotributario.blogspot.pe/2017/01/formas-de-emitir-una-factura-electronica.html
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